Sporym zaskoczeniem dla mieszkańców Kostrzyna była niemiecka napaść na Polskę w 1939 roku. Trzy dni po hitlerowskiej agresji ewakuowano z miasta urzędy i rodziny pracowników państwowych. Wówczas władze w mieście przejął Komitet Obywatelski, którego głównym przedstawicielem został Czesław Borchardt. Na szosie biegnącej z poznania do Warszawy pojawili się liczni uciekinierzy, którzy stali sie celem niemieckich ataków. Kostrzyn dla poznańczyków stał się pierwszym przystankiem, w którym zaczęli zastanawiać się nad sensem dalszej podróży. Jednak 10 września w mieście pojawił się niemiecki patrol motocyklowy, a następnego dnia przybyły oddziały Wermachtu. W momencie nadejścia wrogich wojsk rozpoczęły się liczne prześladowania i aresztowania miejscowej ludności. Największy mord dokonał się jednak w październiku, kiedy na śmierć skazano 28 mieszkańców. Egzekucji poprzez strzał w tył głowy dokonano 20 października na kostrzyńskim rynku. Następnie okupanci rozpoczęli akcję wysiedlania mieszkańców Kostrzyna i okolic. Ich miejsce zajmowały sprowadzone z Rzeszy rodziny niemieckie. Zamknięto polską szkołę oraz zakazano nauki języka ojczystego. Z urzędów zniknęły polskie napisy, które zostały zastąpione nazwami niemieckimi (1). Również na mapach z tego okresu widać, że polskie nazwy miejscowości zostały zastąpione nazwami niemieckimi jak na przykład Augustenberg (Ługowiny), czy Deutscheck (Trzek).
    W pomieszczeniach byłej mleczarni powstała fabryka „Schnittert Werke”, która stała się największym zakładem przemysłowym w gminie Kostrzyn. Ponadto czynna była fabryka pierników i makaronów, która została przejęta przez Niemców (1).
   Terror okupanta spotkał się z oporem mieszkańców Kostrzyna. Harcerze potajemnie zbierali się, wysłuchując zagranicznych stacji radiowych (głównie radia londyńskiego), by następnie zasłyszane informacje przekazać dalej. W roku 1941 powstała placówka terenowa konspiracyjnej organizacji Obrona Kraju, która w swoich szeregach skupiała głównie wojskowych. W ramach planu odtworzenia sił zbrojnych w Kostrzynie miała zostać odtworzona 1 kompania 68. Pułku piechoty, jednak nie doszło do tego ze względu na kontrakcję gestapo. Wielu mieszkańców Kostrzyna i okolic brało także udział w przejęciu zrzutu broni w pobliskim Janowie. O akcji dowiedzieli się jednak hitlerowcy, którzy następnego dnia aresztowali uczestników, w tym 18 osób z terenu gminy Kostrzyn, którzy zostali następnie wysłani do obozów koncentracyjnych. Wielu mieszkańców Kostrzyna i okolic walczyło także podczas kampanii wrześniowej, w Polskich Siłach Zbrojnych na Zachodzie, w lotnictwie RAF oraz jednostkach I i II Armii Wojska Polskiego. Swoimi czynami wsławili się między innymi Michał Błaszczak, Leon Lemański oraz Jan Stanicki podczas bitwy pod Monte Cassino, a także pilot Polskiego Dywizjonu Myśliwskiego 317 Józef Prętkowski. Wielu mieszkańców Kostrzyna stało się ofiarami zbrodni katyńskiej oraz zostało zamordowanych w więzieniach i obozach koncentracyjnych (1).
   Koniec wojny zwiastowały coraz liczniejsze oddziały armii niemieckiej wycofujące się na zachód. 21 stycznia do miasta przybył oddział żołnierzy, który zatrzymał się w opuszczonym przez żandarmów posterunku. Następnego dnia w Kostrzynie pojawiły się pierwsze czołgi radzieckie, które na kostrzyńskim rynku napotkały na niewielki opór ze strony Niemców. Hitlerowcy zostali jednak rozbici, a miasto wyzwolone (1).